转录因子靶点的鉴定（综述）

鉴定转录因子的靶点对了解生物过程的细胞及分子机制有重要的意义。这篇综述回顾了以往研究此类问题的常见方法，也介绍了一些寻找转录因子直接靶点的新的技术，如染色质免疫沉淀，生物芯片，生物信息等。

鉴定转录因子的靶点的第一步通常是将所研究对像敲除掉或超量表达，然后考察基因表达的变化，通常的方法有RT-PCR，消减杂交（subtractive hybridization），差异显示（differential display）和SAGE（analysis of gene expression）等。芯片技术的发展使这种分析变得更加简便。它能一次分析很多的基因。但上面的技术都不能让我们知道所找到的靶基因是否直接的靶基因，可能有大量的基因都是间接被调控的。另外一些技术的发展使我们能够找到直接的靶点，如染色质免疫沉淀（chromatin immunoprecipitation，ChIP）和Dam甲基化酶鉴定法（Dam methylase identification，DamID）。这种技术和芯片技术联合起来可以帮助我们分析在基因组范围内转录因子的结合位点，称作基因组范围的定位分析（Genome-wide location analysis）。另外，基于算法和数据库的生物信息学方法也得到了一定的发展，这表现在从单纯保守位点分析到比较基因组方法的应用，这种方法基于以下事实，在种间高度保守的非编码序列有更大的可能性参与基因调控。

参考文献：
Nicola V Taverner, James C Smith and Fiona C Wardle.
Identifying transcriptional targets.
Genome Biology 2004, 5:210.
http://genomebiology.com/2004/5/3/210/