2006-06-28

怎么无法发布新文章呢?转移到bloggerspaces!

原来的空间怎么无法发布新文章呢。不知道是什么原因。

最近,blogger.com的发布一直不能和我的“我要安家”的空间连接。我换用别的账号做对照,发现只是我的账号有问题,免费账号都正常!然后换用别的blogger账号,正常,排除了是blogger的问题。结论:只是我在“我要安家”的账号有问题。

更新:

我尝试与“我要安家”的客服沟通,但是他们的客服没有用过blogger.com的服务,也不明白blogger的发布是怎么回事。问题没有解决,但是我的blog不能一直不发布吧?幸好这时发现一个不错的blogger.com空间提供服务,于是很简单地将我的blog转移到bloggerspaces了。呵呵,这也是blogger服务的一个好处吧。

bloggerspaces的服务是免费的。他们为了防止有人滥用存储空间,限制了除blogger之外的文件上传。反正现在空间很多,这个也无所谓。

bloggerspaces的服务精神是值得赞赏的。我也捐了一点点钱支持他们。希望其他用户也尽一点力,不在多少,在乎心意。

现在我发现不少用户已经捐了,捐款名单上我的赫然在目,钱数太少,赧然。

2006-06-27

think.ac.cn域名暂时不能访问

空间服务商的主机换IP,可我没注意到通知,结果think.ac.cn无法正常使用了。不过www.think.ac.cn是可以的,因为用的是cname。

已经修改DNS解析了,不过还需要一段时间才会改过来。(现在好了)

PS:刚才写了一篇文章,不知道里面有什么敏感的过滤词汇,老是无法发布,郁闷得很!!!

激情黄健翔 VS 中国愤青

昨夜,黄健翔的激情解说,宛如平地春雷,在乏味了很久的中国大地上绽开。老少不一的球迷、非球迷,都在津津乐道着这个新的谈资。媒体又将开始一轮新的疯狂。

所有的争论不外乎分为三派:支持的、中立的和反对的。刚才看新浪的调查,支持的刚刚过了一半。看来这个话题大有炒作的潜力。不过广大球迷或非球迷的评论里倒是有些有趣的东西,下面说来玩玩。

关于黄的解说的争论,不可避免地涉及到CCTV的地位,这从很多网友的发言里就能看个大概:“中央人民电视台”,“恐怕中央电视台会引起外交纠纷”,……显然,这些人眼中,CCTV不但代表了国家的形象,而且还是人民的电视台!

不过,随着“人民邮电”、“人民铁路”等称呼的退休,这些本来不属于人民的东西终于退下了虚伪的名字,现在居然出来一个“中央人民电视台”,哈哈,真是滑天下之大稽!纵观历史,中央电视台何时代表过人民?何时代表过人民的国家?

中央电视台成为了党的喉舌,现在又想成为人民的喉舌,哈哈,这除了党的循循善诱之外,和某些愤青的配合也是分不开的。黄健翔这一吼,吼得真是好啊,把中央电视台从愤青们心目中的神坛赶下来了。

体育就是体育,谁把体育上纲上线都是最SB的行为。我相信澳大利亚也不会把黄健翔的解说当成中国GOV的立场。

好多人也在批评黄健翔的不公正,认为一个解说员应该没有任何偏向。说实话,我不大清楚这到底是不是一个解说员的基本要求。如果的确有明文规定,那这一点黄健翔就是错了。

2006-06-26

卡巴斯基好大啊!

我已经用卡巴斯基(Kaspersky)6.0一个多月了,可是我最近发现我的C盘只剩下可怜的500多兆了。经过逐个排查,发现卡巴斯基的目录居然超过了一个G!真是惊人啊。

于是我删除之,然后重新安装,最后一看,才不过10兆。以前用瑞星的时候就有这个问题,可能是由于不断升级的病毒库累积造成的。家里的老破车电脑一直用的是卡巴斯基5.0,我看了一眼,体积还在20M左右。看来体积增大只是新版本的问题。

硬盘空间紧张的哥们可以试试重装一下。

2006-06-20

MSN Live Messenger的去广告修改方法(适用于8.0正式版)

Windows Live Messenger 8.0正式版发布了。当然,和以前一样,还是有我不想要的广告、搜索框、链接。根据以前的方法,更新一下,继续去广告!哈哈。方法有一点点区别。适用于8.0正式版。

最简单的办法,下载我修改过的文件,直接覆盖你的原来的文件,位于你的MSN目录下。
自己手动修改的办法如下:
推荐工具:Restorator 2006
下载地址:http://www.crsky.com/soft/...
1、去掉主窗口下的广告
用Restorator打开msgsres.dll中的4004-923,查找里面的"ID=Atom(SSConstrainer)",不包括两头双引号,将前面的layoutpos=top改为layoutpos=none,然后保存,OK
2、去掉聊天窗口下的文字广告
在4004 - 920里
找到: element id=atom(adbannercont) layout=filllayout()
改为: element id=atom(adbannercont) layoutpos=none
3、去除界面底部搜索栏:
在上边的文件中查找"idSearchContainer"
将前边的"layoutpos:bottom"改成"layoutpos:none"
最后别忘记保存哦。^_^
☆ 注:在修改前记得备份一下文件,以免出了问题后重装带来麻烦。

2006-06-17

[笔记]寻找转录因子结合位点的工具

请注意:本站停止更新,本文在最新版本在http://www.notii.com/2006/06/tfbs_tools.html
推荐TRANSFAC > TESS > TFSEARCH。TFSEARCH使用了较低版本的matrix,可能是3.3。 TESS用的matrix也不是最新的,TRANSFAC用的是最新的,不过需要注册。

Transfac的TfBlast是用核苷酸序列或者氨基酸序列来搜索与之相似的TF的序列,也就是说,找出你输入的序列很可能是什么TF,而不是找与之结合的TF。

TFSEARCH是位于日本的papia的众多服务中的一个:

  1. Protein Structure Similarity Search
  2. Protein Sequence Homology Search
  3. Protein Sequence Multiple Alignment
  4. Protein Secondary Structure Prediction
  5. TFSEARCH : DNA的转录因子结合位点预测
  6. PDB-REPRDB : Representative protein chains from PDB

2006-06-07

生物数据库数据交换标准

  1. BSML(Bioinformatic Sequence Markup Language)

    • 网址:http://www.bsml.org/

    • 出版时间:1997

    • 开发单位:National Human Genome Research Institute(NHGRI)

    • 作用与范围:提供生物数据库数据之交换格式。

    • 目的:为基因学之XML数据标准(XML Data Standard for Genomics),目的在加速生物数据交换之速度。

    • 着重:提供撰写、储存、传递BSML-DTD之格式及资源。目前已支持GenBank、EMBL、Ensembl、及Swiss-Port,DDBJ、AGAVE尚在进行中。

  2. GFF(an Exchange Format for Feature Description)

    • 网址:http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF/

    • 出版时间:2000, GFF Version 2

    • 发展单位:英国Wellcome Trust与Medical Research Council

    • 作用与范围:描述基因、DNA、RNA、蛋白质序列的一种格式。

    • 目的:生物信息之数据交换。

    • 着重:提供GFF简介、Spec、GFF Perl对象模块、及GFF相关内容。

  3. AGAVE(The Architecture for Genomic Annotation, Visualization and Exchange)
    • 网址:http://www.lifecde.com/products/agave/index.html

    • 出版时间:2001, Version 3.0

    • 发展单位:DoubleTwist, Inc.

    • 作用与范围:提供可延申、可理解、公开的基因体数据之标示格式。

    • 目的:基因体数据交换。

    • 着重:描述AGAVE Schema架构。

  4. 其它数据交换标准

2006-06-05

搜狐出了输入法??搜狗输入法试用

下载地址:http://www.sogou.com/ime/
下面是搜狗的说明:

新词热词一网打尽
利用先进的搜索引擎技术,自动分析互联网上出现的新词热词,“李宇春”、“胡戈”、“八荣八耻”、“房奴”一个不漏。
最佳的互联网词频
通过分析统计中国互联网35亿中文页面,获得最佳的词频排序,特别适合互联网用户,上网聊天、写邮件、发帖子样样顺手。
动态升级输入法和词库
我们是活的输入法!自动升级最新最热的词库和最新的输入法主程序,享受我们最好的服务。

好话说在前面,下面谈谈试用感受,主要是和最新版的拼音加加增强版对比
  1. 搜狗输入法安装后占硬盘21.44M,拼音加加为21M,两者差不多。占内存没有比较。

  2. 日常用语输入两者不相上下,首选词汇比较准确。搜狗主页上的首选正确率对比图并没有给出测试的词汇样本群是什么,所以严重怀疑其科学性。

  3. 输入手感比较流畅,达到拼音加加的级别,远超过紫光。

  4. 搜狗的网络新词占优!八荣八耻等新词准确无误。拼音加加稍逊。

  5. 专业词汇上,搜狗远远不如拼音加加。貌似搜狗的拼音分词还有问题,看下图:
    这个是拼音加加增强版:

    这个是搜狗输入法公测版:


  6. 插件。这次搜狗的输入法没有什么乱七八糟的插件,只有自带的自动升级功能,但是不保证以后偷偷给你升级一个插件回来。拼音加加原版不是很好(修改主页等),但是leelay的增强版完全没有类似的问题,比较干净。如果你不在意自动升级,那么这一项两者基本打成平手。

  7. 界面。不得不说搜狗的界面很难看,并且没有别的皮肤可选。输入面板上的图标实在太大。拼音加加有多年的积淀,网友自制的皮肤很多。这一点拼音加加胜出。

  8. 输入习惯。搜狗和拼音加加一样支持翻页的快捷键(逗号等)。不错。搜狗没有拼音加加的数字自动转换中文大写功能。我在搜狗下不知道怎么输入中文的省略号,但是我在拼音加加下输入slh三个字母就可以。这一点搜狗不够细腻。
  9. [注意]这个最初的版本上还是捆绑了“搜狗直通车”!可以使用超级兔子将其删除。

总之,在日常网络应用方面,搜狗做的还是不错的。虽然和拼音加加还有一点差距,但是搜狗现在毕竟是公测版,相信以后会推出更好的版本。

2006-06-02

一个不错的显示Google缩略图的IE插件

这是我第一次推荐IE的插件,我原来一向是厌恶IE的插件的。不过这个插件实在是不错,没办法,向大家推荐一下。

用Firefox的大概都知道能显示Google、yahoo等搜索结果缩略图的插件:BetterSearch!不过用IE的同志就不能像FF下这样,有点遗憾。现在这个插件LostGoggles正是弥补这个不足的,使你在IE下也可以看到缩略图。
下载连接。使用感受:

使用了一下,感觉不错。LostGoggles虽然只支持Google的搜索结果,但是我基本上只用Google,所以妨碍不大。

另外,Browster是一个与LostGoggles插件类似的插件,功能更多更强大一些,但是我感觉Browster实在是太占资源了。并且,我不喜欢把鼠标放上后才显示缩略图。具体的介绍可以看Plod的一篇介绍。browster的主页好像上不去了,不过Google一下browster还是有不少中文页面提供下载的。

最后,lostgoggles插件在IE中可以很好的运行,可是在Maxthon中就好像不行了。根本看不到这个插件,所以也无从选中生效。不过我有了Firefox,很少用Maxthon了。

Enjoy it!
Update: Lostgoggles目前还不支持最新的IE 7.0 !

2006-06-01

[进展]RNAi并不参与反义核苷酸介导的基因表达调控

哺乳动物中,RNAi并不参与反义核苷酸介导的基因表达调控。

反义转录同时产生编码和非编码的RNA,这是哺乳动物中的普遍现象。自然反义转录(NAT)调控基因表达的机理,在很大程度上是未知的。本研究的目的就是,通过研究编码和非编码NAT对相应基因表达的作用,来探索正义-反义之间的相互调控机理,并探讨内源性RNAi在正反义相互作用中的可能作用。

他们分别以具有正反义NAT的内源基因:胸腺嘧啶合酶和缺氧诱导引子1α为例,检测了它们的正反义RNA的配对机制。以前普遍认为正反义RNA在胞质中形成二体,并激活随后的RNAi,但是他们在这里提供了直接的证据来反对这个看法。

总之,他们的数据表明,NAT对基因表达的调控是发生于一个独立通路上的,它和Dicer酶相关的RNAi没有关系。并且,他们也引入了一个实验策略,可用于其他的正反义RNA对之间的相互作用的功能检测。

(发表于Genome Biology 2006, 7:R38 doi:10.1186/gb-2006-7-5-r38,http://genomebiology.com/2006/7/5/R38

英文摘要对照:

Background

Antisense transcription, yielding both coding and non-coding RNA, is a widespread phenomenon in mammals. The mechanism by which natural antisense transcripts (NAT) may regulate gene expression are largely unknown. The aim of the present study was to explore the mechanism of reciprocal sense-antisense (S-AS) regulation by studying the effects of a coding and non-coding NAT on corresponding gene expression, and to investigate the possible involvement of endogenous RNA interference (RNAi) in S-AS interactions.

Results

We have examined the mechanism of S-AS RNA base pairing, using thymidylate synthase and hypoxia inducible factor-1α as primary examples of endogenous genes with coding and non-coding NAT partners, respectively. Here we provide direct evidence against S-AS RNA duplex formation in the cytoplasm of human cells and subsequent activation of RNAi.

Conclusion

Collectively, our data demonstrate that NAT regulation of gene expression occurs through a pathway independent of Dicer associated RNAi. Moreover, we introduce an experimental strategy with utility for the functional examination of other S-AS pair interactions.