生物数据库数据交换标准

1. BSML（Bioinformatic Sequence Markup Language）


• 网址：http://www.bsml.org/


• 出版时间：1997


• 开发单位：National Human Genome Research Institute（NHGRI）


• 作用与范围：提供生物数据库数据之交换格式。


• 目的：为基因学之XML数据标准（XML Data Standard for Genomics），目的在加速生物数据交换之速度。


• 着重：提供撰写、储存、传递BSML-DTD之格式及资源。目前已支持GenBank、EMBL、Ensembl、及Swiss-Port，DDBJ、AGAVE尚在进行中。


2. GFF（an Exchange Format for Feature Description）


• 网址：http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF/


• 出版时间：2000, GFF Version 2


• 发展单位：英国Wellcome Trust与Medical Research Council


• 作用与范围：描述基因、DNA、RNA、蛋白质序列的一种格式。


• 目的：生物信息之数据交换。


• 着重：提供GFF简介、Spec、GFF Perl对象模块、及GFF相关内容。


3. AGAVE（The Architecture for Genomic Annotation, Visualization and Exchange）
• 网址：http://www.lifecde.com/products/agave/index.html


• 出版时间：2001, Version 3.0


• 发展单位：DoubleTwist, Inc.


• 作用与范围：提供可延申、可理解、公开的基因体数据之标示格式。


• 目的：基因体数据交换。


• 着重：描述AGAVE Schema架构。


4. 其它数据交换标准
• 可参考网站http://www-alt.pasteur.fr/~letondal/XML/，网站中列出不同生物数据库类型可使用的XML语言。