[笔记]寻找转录因子结合位点的工具
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推荐TRANSFAC > TESS > TFSEARCH。TFSEARCH使用了较低版本的matrix，可能是3.3。 TESS用的matrix也不是最新的，TRANSFAC用的是最新的，不过需要注册。
Transfac的TfBlast是用核苷酸序列或者氨基酸序列来搜索与之相似的TF的序列，也就是说，找出你输入的序列很可能是什么TF，而不是找与之结合的TF。
TFSEARCH是位于日本的papia的众多服务中的一个：
- Protein Structure Similarity Search
- Protein Sequence Homology Search
- Protein Sequence Multiple Alignment
- Protein Secondary Structure Prediction
- TFSEARCH : DNA的转录因子结合位点预测
- PDB-REPRDB : Representative protein chains from PDB
你好，谢谢你给出的宝贵经验，我刚开始用transfac有些问题不明白想向你请教：如你所言，TFsearch可以用来预测输入核苷酸序列哪些可能是转录因子结合序列位点，但它的数据库比较老，我的目的其实就是这个，找序列中可能潜在的TF binding site，但在TRANSFAC数据库中具体不知道该从何处入手，会不会是只有购买的数据库才能完成此功能，请教。可以回我邮箱吗，sophie-ming@hotmail.com.先谢过了。
回复删除sophie-ming，你好。
回复删除transfac的数据库分为免费的public和收费的professional。
transfac的public数据库版本是7.0，数据比较老。收费的transfac professional的版本估计快到9.0了。professional的费用大概是750USD，还是很贵的。
不过很多国外的科学家已经购买了，你若需要，可以试着向他们索取？
你有什么看法，欢迎回复，谢谢！
mr zhang,
回复删除你好，我最近才转到分子结构位点的这个课题，我有些问题想请教：
1.我也不清楚哪些国外科学家购买了，怎么索取啊？
2.motif 和 regular element 以及TFBS的区别在哪里？它们不应该是等价的吧？我的email:leapahead815@gmail.com,希望能够得到你的帮助，非常感谢。
mr zhang,
回复删除你好，我最近才转到分子结构位点的这个课题，我有些问题想请教：
1.我也不清楚哪些国外科学家购买了，怎么索取啊？
2.motif 和 regular element 以及TFBS的区别在哪里？它们不应该是等价的吧？我的email:leapahead815@gmail.com,希望能够得到你的帮助，非常感谢。
你好，我是做promoter的，如果你仔细阅读了promoter相关的文章会发现用transfac可以寻找到许多tf binding site，但是在别人的文章中明显只对其中的一小部分进行了进一步的验证，甚至有些文章中的tf是软件上无法得到的，我很想知道在如此众多的软件所得tf位点中是如何刷选的。谢谢,望不吝赐教。我的邮箱：hsp70xj@gmail.com
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